1、遗传因素。遗传因素是贲门癌的病因之一，无论在食管癌高发区或低发区均可以找到食管癌的高发家族，说明有明显的家族性聚集现象，可能与遗传因素有关。2、化学因素。化学因素也是导致贲门癌的原因之一，如亚硝胺就具有致贲门癌的作用。亚硝胺是强致癌物，有致畸和致突变作用。3、微量元素。从全国的调查报告来看，贲门癌高发区的地区水土中缺乏钼、硒、锌、镁等元素，导致含量降低。因此，贲门癌的发生可能还与微量元素有关。