生殖器疱疹潜伏期后，男性龟头、阴茎、尿道口、阴囊和大腿、臀部等处，女性阴唇、子宫颈、外阴等处出现灼热感或刺痛，生殖器疱疹患者随即出现红斑伴群集瘙痒的小红丘疹并迅速变为多发性水疱，亦可变成脓疱。生殖器疱疹症状为自觉局部灼热感、瘙痒、疼痛明显，并可有排尿困难(及步行困难。