生殖器疱疹初期症状为小的淡红色丘疹，后逐渐长大，表面呈凹凸不平的柔软乳头样病变，有的呈菜花状，根部可有蒂，表面湿润，有分泌物浸渍可呈灰白色，污灰色或红色。时间较久者表面可有糜烂渗液，有时因有痒感，而搔抓继发细菌性感染，表面出现脓性分泌物，有臭味和疼痛。