生殖器疱疹可以引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。部分生殖器疱疹病毒HSV1可能经周围神经沿神经轴转入三叉神经节，HSV-2则转入骶神经节长期潜伏于神经细胞内。如机体受到创伤、高热、过敏等原因引起感染和复发时，会并发腰髓部神经炎、脊髓炎，出现臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痹等症。