大部分肾囊肿患者通常无症状，多在体检或其它疾病做影像学检查时偶然发现。部分患者会感到患侧“腰背酸痛”的症状，往往也不是由肾囊肿直接导致的。一些非常大的肾囊肿，尤其是发生囊内出血或感染的肾囊肿会明显的产生腰腹疼痛不适症状。有的肾囊肿恰巧压迫了输尿管或肾盏颈部，会引起肾积水和继发感染，继而出现腰痛、发烧、尿路感染的症状。个别的单纯肾囊肿会发生囊壁癌变，癌变率约为1%，囊肿内有出血时应警惕癌变可能。