肾盂肾炎感染的细菌主要来自尿路上行感染。当用各种器械检查或者经尿道手术时，细菌可由体外带入，经尿道上行感染。但更常见的是移居于会阴部的肠道细菌经尿道、膀胱、输尿管至肾脏。尿路梗阻和尿流停滞是急性肾盂肾炎最常见的诱因。尿路在梗阻以上部位扩张和积液，有利于细菌繁殖，引起肾盂肾炎。肾盂肾炎经常是由革兰阴性杆菌所引起，约占70%以上，其中大肠埃希杆菌最为常见，其次是变形杆菌、克雷白杆菌、产气杆菌、铜绿假单胞菌等;革兰阳性细菌约占20%。常见的为链球菌和葡萄球菌。