对于小的肾囊肿治疗，目前医学上缺少特效的肾囊肿治疗方法。无症状时普遍认为肾囊肿不需要做任何治疗，只须要定期复查，观察囊肿是否继续增大；如发现明显的增大，才要及早重视肾囊肿治疗。肾囊肿增长迅速，压迫肾脏正常组织的危害已得到世界普遍的重视，都在进行深入的研究。肾囊肿的治疗方法较多，有穿刺治疗和保守治疗方法。需要根据具体的病情而定，专家可能依据具体的病情制定具体的肾囊肿治疗方法。采取治疗前，无症状者应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至1年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。由于感染是本病恶化的重要原因，所以不在十分必要时，不要进行尿路创伤性检查。