怀孕40天，如果真的不想让宝宝流产，流产有两种方式：一是药物流产，适用于停经后45天内的宫内妊娠。二、人工流产，适用于停经70天内的宫内妊娠。如果B超确定是宫内妊娠，没有药物流产的禁忌症，可以考虑选择药物流产，因为孕囊比较小，药物流产成功的概率比较高。如果需要等5-7天才能做人工流产。由于孕囊太小，在手术过程中可能吸不到，二次手术的概率会增加。先做B超检查，根据B超结果选择合适的流产方式，流产是有风险的，一定要去当地正规医院进行流产。