怀孕40天做药流和人流都是可以的。两者各有利弊。建议做B超检查，看子宫内是否有孕囊，以排除宫外孕。然后可以在医生的指导下选择具体的方法。流产后要注意休息，避免劳累，一个月内禁性生活。同时注意观察出血情况，并及时复查看宫内是否有残留。