怀孕三周如果检查确定是宫内妊娠可以去医院终止妊娠，建议选择药物流产或人工流产，药物流产相对方便，在医生的指导下，但容易流产，所以较好做无痛人流手术，对子宫的影响较小，做好人流前检查和术前准备，术后抗炎治疗。