意外怀孕46天可进行人流手术。人流适用于妊娠不超过70天的手术，但较佳手术时间不超过55天。由于此时妊娠囊相对较小，手术不需要扩大子宫，直接吸出妊娠囊，因此子宫创伤较小，如果妊娠时间较长，可能需要考虑扩大子宫手术，因此损伤相对较大。