药物治疗仅对个别症状可能有效，且要在医师的指导下服用。如短期严重失眠，可用安定;有攻击行为，可用奋乃静;促进脑功能的药物可选用脑复新、脑复康，或Y-酪氨酸，此外，利他林对治疗孤独和语言障碍有效。近年来，有人报告，服用芬氟拉明治疗自闭症获得疗效，服用后可减轻多动及刻板动作，改善注意力，对有些病例尚可提高智商。