黄体功能不全的危害主要有：危害一、不孕症。女性朋友的子宫内膜在黄体还没有完全退化的情况下，会分泌出少量的激素，从而使得子宫内膜的脱落发生了缓冲状态，此时女性如果受孕的话，就会失败，同时还会让女性的身体健康状况受到影响。危害二、月经失调。黄体功能不全的患者经常会伴有月经失调的现象，并且还会诱发月经量减少、月经频发以及痛经等诸多不适应症。危害三、习惯性流产。患有黄体功能不全的患者因为不能分泌出足够的孕激素，因此即便女性已经怀孕了，但是也会诱发流产的现象，让女性患有习惯性流产。