精子畸形是可以治疗的，不过治疗开始要寻找导致畸形精子的病因，如果是药物引起者要赶紧停止服药，精索静脉曲张者可运用高位结扎术，有生殖道感染者可以用抗感染治疗，睾丸精子发生异常的治疗就比较困难。 治疗畸形精子所造成的不育症，要根据引发畸形精子的原因，消除畸形精子产生的不好的因素(如：药物、放射线、高温和酒等等)，明确病因在进行有针对性的治疗。此外还要注意，若畸形精子达到了总数的70%，就需要进行染色体检查，万一有染色体病，治疗会比较困难。