输卵管通水的副作用有：1、反复通水可能破坏输卵管自身的蠕动能力和纤毛的摆动能力，造成宫外孕等情况的发生。2、每做一次通水就增加了一次感染的机会，尤其是消毒不严格的情况下很多原本输卵管不是很严重的做通水后可能进一步加重。3、一次通水不能明确的检查出病情，需要反复通水，那样可能会造成输卵管积水。4、由于输卵管很薄，多次通水可能会穿破输卵管。