输卵管通水有以下几点副作用：反复通水可能破坏输卵管自身的蠕动能力，造成宫外孕等情况的发生。二，每做一次通水就增加了一次感染的机会，尤其是消毒不严格的情况下。三，一次通水不能明确的检查出病情，需要反复通水，那样可能会造成输卵管积水。四，由于输卵管很薄，多次通水可能会穿破输卵管。