引起性功能障碍的病因很多分功能性的和器质性的。功能性的性功能障碍占绝大多数表现为大脑皮质功能紊乱，通常由不正常的性生活习惯（手淫、性交过度等）和不正常的精神状态（恐惧、紧张、疲劳等）引起，器质性的性功能障碍较少见，多为脊髓损伤导致的阴茎勃起和射精中枢功能紊乱，或慢性炎症如：尿道炎、前列腺炎、睾丸附睾炎等，以及神经内分泌疾病,以及阴茎自身病变等所致。