CT鉴别的重点就是把单纯肾囊肿和囊性肿瘤（如癌变的囊肿或内部坏死的肿瘤）区分开来。前者B超、CT下呈圆形均一液性暗区，无强化，壁薄，后壁回声增强，囊肿与肾实质分界清晰而光滑；后者囊壁不规则，囊内有瘤样内容物，囊内有强化。另亦需与肾盏憩室相鉴别，增强CT或静脉肾盂造影（IVP）较为有效。